La versione Nintendo Gamecube di The Legend of Zelda Wind Waker doveva includere alcuni dungeon che poi sono stati eliminati nel codice finale del gioco.
Questi dungeon successivamente sono stati riutilizzati in altri capitoli della serie.
Eiji Aonuma, durante un’intervista, ha confermato che quei dungeon sono stati poi riutilizzati nei successivi capitoli della serie ed ha negato che potranno essere inclusi nella versione HD del titolo:
“Ho rivecuto molte domande su contenuti aggiuntivi oltre a cosa era presente nella versione Gamecube del gioco, ma il nostro desiderio è rimanere fedeli alla storia del titolo originale, Se aggiungessimo nuovi dungeon, allora andremo a modificare la versione Gamecube, cosa che non vogliamo fare assolutamente”.